Isso pode ter acontecido porque você deixou de votar em três eleições seguidas.
Então você vai precisar tirar um novo.
Nesse caso, você precisa pagar as multas (R$ 3,51 por turno não justificado) e levar seus documentos a um cartório eleitoral para solicitar a emissão de um novo título.
Com a situação regularizada, o sistema libera a certidão de quitação e aí sim você pode seguir com o pedido do passaporte.
Mas se você não quer ter nenhuma dor de cabeça com isso, é só falar com o Mister W!